Checkm操作试验

Checkm

lineage-specific（世系特异性）==【推荐方法】==

lineage-specific（世系特异性）（使用该方法需下载checkM的参考数据集，并设置安装在相应位置）

##下载数据库，并解压设置路径
wget -c https://data.ace.uq.edu.au/public/CheckM_databases/checkm_data_2015_01_16.tar.gz
tar -zxvf checkm_data_2015_01_16.tar.gz
checkm data setRoot $PATH/checkm_data

#####我的指令
checkm lineage_wf -t 46 -x fa --nt --tab_table -f /home/chenl/RA/BGI/assembly/RAH26A/bin_qa_result/RAH26A_bins_qa.txt /home/chenl/RA/BGI/assembly/RAH26A/bin /home/chenl/RA/BGI/assembly/RAH26A/bin_qa_result

（题外话：中间会用到pplacer，这一步也可以设置线程数，默认是1）

结果

得到bins_qa.txt

关键点：BIn Id（唯一的)、completeness（完整度)、Contamination（污染度)

得到的结果是一个样本的所有bin，现在需要分析所有样本，就需要把所有样本整合到一起，那就是Python脚本，我自己上网随便搜的一个。

整合之后就是一个含有所有bins的污染度和完整度信息，就可以画图了。